Trujillo es también un punto desde donde usted puede introducirse a la región conocida como La Mosquitia”. Isleña Airlines tiene vuelos diarios, excepto los domingos a Palacios, y además existen múltiples embarcaciones que viajan regularmente a Brus Laguna, Palacios y Puerto Lempira, permitiendo incluso continuar hasta Puerto Cabezas en Nicaragua.